兩晉南北朝在秦漢時期形成的醫(yī)學(xué)理論和臨證醫(yī)學(xué)成就的基礎(chǔ)上，又得到了充實提高。西晉醫(yī)家皇甫謐(公元215～282)稽古論今，撰成《針灸甲乙經(jīng) 》12卷，128篇。該書為中國現(xiàn)存最早的一部針灸專書，其內(nèi)容包括臟腑、經(jīng)絡(luò)、腧穴、病機、診斷、針刺手法、刺禁、腧穴主治等。對后世針灸醫(yī)學(xué)影響很大。公元701年日本政府制定醫(yī)藥職令時規(guī)定，本書為醫(yī)學(xué)士必修書。
魏晉名醫(yī)王叔和(公元265—31 7年)博通經(jīng)方，尤精切脈，對中醫(yī)脈學(xué)有獨到見解，其理論對后世影響深遠。王叔和結(jié)合自己的臨床經(jīng)驗，集古代診脈法的大成，所著的《脈經(jīng)》十卷，盛傳于世，此書為我國現(xiàn)存最早的脈學(xué)專著。
切脈診病創(chuàng)始于扁鵲，到《黃帝內(nèi)經(jīng)》已有了脈診的基本理論。雖然在《內(nèi)經(jīng)》時代仍以切全身脈的遍診法為主，但也明確提出切脈獨取寸口的方法。
隋唐時期政治、經(jīng)濟的穩(wěn)定繁榮和內(nèi)外交通的發(fā)達，為醫(yī)藥學(xué)發(fā)展提供了良好的基礎(chǔ)條件，公元610年，隋代巢元方等人集體編寫的《諸病源候論》，是中國現(xiàn)存最早的病因證候?qū)W專著。全書共50卷，載列證候1700余條，分別論述了各科疾病的病因病理和癥狀，還記載了腸吻合術(shù)、人工流產(chǎn)、拔牙等手術(shù)。其中對一些病因病原理描述比較詳盡科學(xué)。如：認為絳蟲病系吃不熟的肉類所致。
由于用藥經(jīng)驗不斷豐富，外來藥物日益增多，對藥物學(xué)成就進一步總結(jié)已成為當(dāng)時的客觀需要。公元657年唐政府組織蘇敬等二十余人集體編修本草，于公元659年完成 《新修本草》。這是中國古代由政府頒行的第一部藥典，也是世界上最早的國家藥典。它比歐州1542年頒行的《紐倫堡藥典》早883年。該書共54卷，包括本草、藥圖、圖經(jīng)三部分，在國內(nèi)外影響較大。公元71 3年，日本官方就以此書的傳抄本規(guī)定為學(xué)醫(yī)的必讀課本。
孫思邈(公元581～682)是唐代大醫(yī)學(xué)家，集畢生之精力，著成《千金要方》、《千金翼方》各30卷。二書對臨床各科、針灸、食療、預(yù)防、養(yǎng)生等均有論述。尤其在營養(yǎng)缺乏性疾病防治方面，成就突出。如認為癭病(指甲狀腺腫類疾病)是因人們久居山區(qū)，長期飲用一種不好的水所致，勸告人們不要久居這些地方；對夜盲病人，采用動物肝臟治療等。公元752年，唐代醫(yī)學(xué)家王燾所著的《外臺秘要》又是一部醫(yī)方巨著，全書共40卷，載方6000余首，可謂集唐以前方書之大成。為后世整理保存了大量古代醫(yī)學(xué)文獻。
兩宋時期隨著社會穩(wěn)定，科技發(fā)展，中醫(yī)藥學(xué)取得繁榮局面。這個時期政府重視中醫(yī)教育，設(shè)立“太醫(yī)局”，培養(yǎng)中醫(yī)人材的。學(xué)生所學(xué)課程包括《 內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》、《傷寒論》等。教學(xué)方法也有很大改進，如針灸醫(yī)官王惟一曾設(shè)計鑄造兩具銅人，作為針灸教學(xué)和考試醫(yī)師之用?？荚嚂r，試官將銅人穴位注水，外用蠟封。受試者如取穴正確，可針進水出 。這是中醫(yī)學(xué)教育的創(chuàng)舉。
宋代活字印刷術(shù)的發(fā)明為校正出版歷代重要醫(yī)籍提供了重要支持，1057年，宋政府設(shè)置校正醫(yī)書局，集中了一批著名醫(yī)家，對歷代重要醫(yī)籍進行有計劃地搜集、整理、考證和?？?。使許多瀕臨亡佚的重要醫(yī)籍得以保存刊行，流傳至今。為中國醫(yī)學(xué)的發(fā)展作出了巨大的貢獻。宋代在中醫(yī)藥各科取得重要成就，先后有陳自明《婦人良方大全》、錢乙《小兒藥證直訣》、宋慈《洗冤錄》、官修藥典《開寶本草》、《嘉佑本草》、《本草圖經(jīng)》等等。
金元時代，由于連年戰(zhàn)禍?zhǔn)挂卟≡龆?，迫使更新有效的醫(yī)療手段 ，所以出現(xiàn)了許多具有爭鳴和創(chuàng)新的醫(yī)學(xué)流派。其中有代表性的有四大家，即：被后世稱之為“ 寒涼派"， 多用寒涼藥物的劉完素；多用汗、吐、下三法以攻邪，被后世稱之為“攻下派”的張從正；重在溫補脾胃，被后世稱之為“補土派”的李東垣；以養(yǎng)陰降火為主，被后世稱之為“養(yǎng)陰派" 的朱震亨。而且中藥的“氣化說”“歸經(jīng)說”“升降沉浮說”等理論，經(jīng)各醫(yī)學(xué)家闡發(fā)，得以體系化。
明代中醫(yī)藥文獻整理總結(jié)和各科都有很大的發(fā)展，如徐春圃的《 古今醫(yī)統(tǒng)大全》、張景岳的《景岳全書》、楊繼洲的《針灸大成》、汪機的《石山醫(yī)案》等等。而取得空前得成就的是中藥學(xué)，其中突出的有兩書，一是官修《本草品匯精要》，以工筆彩繪1358幅精美的藥圖而著名。
另一是偉大醫(yī)藥學(xué)家李時珍(公元1518～1593年)所著的里程碑式 藥物巨著《本草綱目》。此書在前人本草著作的基礎(chǔ)上進行徹底的修訂，參考文獻800 余種，歷時27年之久，寫成了《本草綱目》，在他去世后三年首次刊行。此書載藥1892種，附方11000多個，采用當(dāng)時最先進的分類法，蘊含進化論思想，體例詳明，用字嚴謹，它不僅是一部藥物集大成著作，而且是一部研究動植礦物的博物學(xué)巨著，被英國生物學(xué)家達爾文稱它為“中國百科全書"。
李時珍長期親自上山采藥，改繪藥圖，足跡踏遍了大江南北，對藥物進行實地考查和整理研究，用實事求是的科學(xué)態(tài)度糾正了古代本草中不少藥物品種和藥效方面的錯誤，這部書出版后流傳中外，對世界醫(yī)學(xué)作出了偉大的貢獻。
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